Văn phòng;
Thanh tra;
Phòng Kế hoạch - Tài chính;
Phòng Tổ chức cán bộ;
Phòng Nông nghiệp;
Phòng Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản.
Các đơn vị hành chính:
Chi cục Lâm nghiệp;
Chi cục Kiểm lâm;
Chi cục Thú y;
Chi cục Bảo vệ thực vật;
Chi cục Phát triển nông thôn;
Chi cục Thủy lợi - Thủy sản.
Các đơn vị sự nghiệp:
Trung tâm Khuyến nông;
Trung tâm Nghiên cứu giống cây trồng;
Trung tâm Nước sinh hoạt và vệ sinh môi trường nông thôn;
Trung tâm Giống vật nuôi;
Ban Quản lý rừng phòng hộ Bắc Biển Hồ;
Ban Quản lý rừng phòng hộ Ia Grai;
Ban Quản lý rừng phòng hộ Bắc An Khê;
Ban Quản lý rừng phòng hộ Mang Yang;
Ban Quản lý rừng phòng hộ Hà Ra;
Ban Quản lý rừng phòng hộ Ia Puch;
Ban Quản lý rừng phòng hộ Ia Meur;
Ban Quản lý rừng phòng hộ Chư Sê;
Ban Quản lý rừng phòng hộ Nam Phú Nhơn;
Ban Quản lý rừng phòng hộ Chư A Thai;
Ban Quản lý rừng phòng hộ Chư Mố;
Ban Quản lý rừng phòng hộ Ayun Pa;
Ban Quản lý rừng phòng hộ Ia Rsai;
Ban Quản lý rừng phòng hộ Xã Nam;
Ban Quản lý rừng phòng hộ Bắc Ia Grai;
Ban Quản lý rừng phòng hộ Ia Ly;
Ban Quản lý rừng phòng hộ Đông Bắc Chư Păh;
Ban Quản lý rừng phòng hộ Ya Hội;
Ban Quản lý rừng phòng hộ Đức Cơ;
Ban Quản lý rừng phòng hộ Đăk Đoa;
Ban Quản lý Dự án đầu tư và xây dựng công trình thủy lợi;
Ban Quản lý khu bảo tồn thiên nhiên Kon Chư Răng.
Biên chế của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và các cơ quan, đơn vị trực thuộc được phân bổ hàng năm theo quyết định của Uỷ ban nhân dân tỉnh.
Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quy định cụ thể nhiệm vụ, quyền hạn các phòng chuyên môn, nghiệp vụ thuộc Sở và trình Uỷ ban nhân dân tỉnh xem xét, quyết định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của các đơn vị hành chính sự nghiệp trực thuộc Sở theo đúng quy định (nếu tổ chức lại các đơn vị này hoặc thành lập mới)./.